Οι πηγές  είναι γνωστές από την εποχή του Αριστοτέλη η χρήση τους χρονολογείται πριν από τον 4ο π.Χ. αιώνα. Ονομάζονταν θερμά του Ηρακλέους. Η πόλη διακρίθηκε στον τομέα του ιαματικού τουρισμού από την ρωμαϊκή περίοδο. Ένας από τους σκληρότερους ρωμαίους ηγεμόνες ο Κορνήλιος Λεύκιος Σύλλας, επιστρέφοντας από τον πόλεμο κατά του Μιθριδάτη έπασχε από ποδάγρα και έκανε λουτρά στην Αιδηψό (83π.Χ). Έφτιαξε ένα μικρό θολωτό λουτρό το οποίο με την πάροδο των χρόνων σκεπάστηκε από ιζήματα και απέκτησε την μορφή σπηλαίου.

Τα ιαματικά νερά αναβλύζουν σε διάφορα σημεία της πόλης. Υπάρχουν περισσότερες από 80 θερμές πηγές με θερμοκρασίες που φτάνουν μέχρι και τους 86 βαθμούς Κελσίου. Πηγές αναβλύζουν παντού στις παραλίες μέσα στη θάλασσα, στους δρόμους, στην αυλή του σχολείου, σε αλάνες, είναι οξυανθρακικές, αλιπηγές και λέγετε ότι η ιαματική δράση των υδάτων οφείλεται και στην διέγερση από το πολύ αλάτι. Συνιστώνται για ρευματισμούς, αρθρίτιδες, νευραλγίες, παθήσεις του ύπατος, γυναικολογικά, φλεβίτιδα. Τα ιαματικά νερά διοχετεύονται μέσω αγωγών σε ιδιωτικά υδροθεραπευτήρια.

Υπάρχει επίσης το υδροθεραπευτήριο του Ε.Ο.Τ που διαθέτει εσωτερική και εξωτερική πισίνα καθώς και ατομικές μπανιέρες.  

Στην δημοτική πλαζ στη νότια άκρη της πόλης πληρώνεις ένα οικονομικό εισιτήριο και έχεις και έχεις πρόσβαση σε δύο ιαματικούς καταρράκτες που χύνονται μέσα στη θάλασσα. Τα νερά στην Αιδηψό καλύπτουν με χρωματιστό ίζημα ότι βρουν στο δρόμο τους με αποχρώσεις ώχρας, κίτρινου, μπεζ, πράσινου και κόκκινου.